战斗系统是《英雄无敌》创新亮点中较为突出的一点，手动和自动的切换不单单提高了游戏的效率，对于闯关决胜负更是非常重要。战斗系统采用卡牌回合制战斗，同一场战斗中最多可以上场6张卡牌，战斗过程中普通攻击会自动进行，特别的是大招可以根据自己的需求施放，操控局势与鼓掌之中，而在卡牌左上方则会显示大招距离下次施放次数。

在游戏中，玩家还可以通过手动储存大招，直到打第三波怪，BOSS战的时候第一回合打出一片伤害，这对于脆皮队伍和全爆发输出队伍在挑战困难关卡时的一个突破玩法，不再向以往无奈于无法给BOSS致命的一击。

当然游戏战斗系统还包含很多玩法，譬如中毒等状态都会影响每个英雄的作战表现，需要玩家自己去积累经验，才是获胜的至高法则。