玩家等级达到25级即可加入组织，但要达到33级才可以创建自己的组织(创建组织有花费金币、钻石两种方式);退出组织需要等待24小时才能再次创建或者加入组织，但获得的个人贡献会全额保留。

【组织大厅】

组织大厅能看到成员的贡献信息，司令可以审核玩家加入自己的组织和将成员踢出组织。成员每天可以捐献一次金币或者钻石来提高自己的活跃度和个人贡献，从而升级组织等级和组织建设。

【组织商店】

通过捐献得到的个人贡献度可在组织商店中购买限次稀有道具，组织商店达到相应的等级开放橙色驾驶员和EVA碎片。

【组织副本】

每名组织成员每天有3次挑战组织副本的机会，组织需通过关卡来解锁下一关卡。司令可通过消耗组织活跃度可以重置副本。